Liste des thèmes


Sciences, recherche, médecine

Le thème « sciences, recherche et médecine » passe au scanner les meilleurs logiciels libres disponibles pour ou utilisés par la recherche scientifique. Le partage des connaissances et la liberté d’accès aux méthodes utilisées sont indispensables à tout travail scientifique sérieux (reproductibilité, réfutabilité, etc.). En ajoutant la mutualisation et la fertilisation croisée que permettent les licences libres, le logiciel libre est un outil de choix pour la science et la recherche dont il prolonge et généralise les méthodes de travail.

Les RMLL sont une occasion annuelle unique de réunir différentes communautés : les développeurs de logiciels libres scientifiques et les chercheurs, scientifiques, ingénieurs et autres utilisateurs ou contributeurs dans la recherche et la technologie.

Cette année, les simulations numériques en physique et la mécanique des fluides sont mises à l’honneur avec différents projets de CFD dont l’importante contribution au libre que vient de faire EDF avec Code_Saturne. Nous aurons aussi des retours d’expérience de chercheurs du CNRS, d’universitaires et d’entreprises (simulation, traitement d’images, SIG, etc.).

Une journée sera dédiée aux projets libres en cours dans le domaine médical permettant de partager avec le monde entier des infrastructures basées exclusivement sur les logiciels libres, garantissant fiabilité et confidentialité sur des sujets aussi sensibles que la santé et la gestion des crises sanitaires.


Responsables du thème : Frédéric Lehobey, Valérie-Emma Leroux, Ursula Teubert, Jean-Marie Favreau, Alain Coulais, Jean-Philippe Gaulier, Simion Pruna (médecine), Jean Thiéry (stand).


2007-07-10

Outils scientifiques - Mardi 10/07 - 11:00

Ouverture de la session

Durée : 45 minutes
Intervenants : Les organisateurs / The organizers

Accueil des conférenciers présents, discussion, test du vidéoprojecteur...

Retour d’expérience de KST

Durée : 45 minutes
Intervenants : Alain Coulais (CNRS, OBSPM)

KST est un outil d’affichage et de traces de données scientifiques optimisé pour des affichages en temps réel de séries temporelles de grand volume. Exposé s’appuyant sur des exemples issus notamment des tests du futur satellite Planck.

Outils scientifiques - Mardi 10/07 - 14:00

LibreSource pour la science, parce que la science est un travail collaboratif

Durée : 45 minutes
Intervenants : Stéphane Bagnier (Artenum)

Cet exposé présentera l’utilisation de LibreSource, plateforme collaborative libre, dans le contexte de la recherche et de la gestion de communauté hétérogène.

OpenTURNS, un logiciel de fiabilité

Durée : 45 minutes
Intervenants : Romuald Conty, Thierry Yalamas (Phimeca)

OpenTURNS est une plateforme libre dédiée au traitement des incertitudes par méthodes probabilistes. Dans cette présentation, la plateforme sera présentée, suivi d’une démonstration.

Outils scientifiques - Mardi 10/07 - 16:00

PELICANS : un outil d’implémentation de solveurs d’EDP

Durée : 45 minutes
Intervenants : Didier Vola (IRSN)

PELICANS est un framework C++ doté d’un ensemble de composants réutilisables intégrés. Il a été conçu par l’IRSN pour simplifier les développements d’applications de mathématiques numériques et de calcul scientifique.

GDL - GNU Data Language

Durée : 45 minutes
Intervenants : Alain Coulais (CNRS, OBSPM)

GDL est un clone libre d’IDL sous licence GNU/GPL. L’outil propriétaire est largement utilisé dans certains laboratoires, en particulier en Astronomie, et bénéficie de nombreuses bibliothèques à code ouvert voire libre, largement testées, en théorie recyclable en GDL.

2007-07-11

CFD - Mercredi 11/07 - 09:00

Gerris flow solver

Durée : 45 minutes
Intervenants : Stéphane Popinet (NIWA - New Zealand)

Présentation générale du projet "Gerris Flow Solver" : méthodes numériques, applications, programmation et méthodologie de développement.

ESP-r

Durée : 45 minutes
Intervenants : Nicolas Aizier (Simulation & Design)

ESP-r est un logiciel de simulation thermique dynamique qui permet aux ingénieurs et architectes d’étudier le comportement thermique des bâtiments en régime dynamique heure par heure tout au long de l’année.

CFD - Mercredi 11/07 - 11:00

Code_Saturne® d’EDF entre dans le monde libre

Durée : 45 minutes
Intervenants : Marc Sakiz (EDF R&D)

Code_Saturne® est un logiciel de Mécanique des Fluides Numérique (CFD) conçu pour la simulation des écoulements monophasiques incompressibles ou dilatables, avec ou sans transfert de chaleur et turbulence. Depuis décembre 2006, Code_Saturne® est distribué en libre dans son intégralité, sous licence GPL.

QNET-CFD

Durée : 45 minutes
Intervenants : Dean Vucinic (Vrije Universiteit Brussel - Belgium)

Le projet QNET-CFD, sa contribution à une approche systématique de la vérification et validation de codes CFD et sa base de données des cas de calcul et d’expérience.

Calcul scientifique - Mercredi 11/07 - 14:00

Logiciel libre et calcul : histoire, état de l’art, succès et faiblesses

Durée : 45 minutes
Intervenants : Thierry Dumont (CNRS, Institut Camille Jordan)

En Science, le partage des connaissances se veut la règle : le logiciel libre n’a donc pas été une révolution dans ce domaine, mais il convient de mesurer précisément sa pénétration dans le monde du calcul, tant du point de vue des développeurs, que de celui des utilisateurs de produits finis.

SCOS - Standards Ouverts pour les plates-formes de Calcul Scientifique

Durée : 45 minutes
Intervenants : Alban Schmutz (Oxalya)

Le projet SCOS a pour objectif de standardiser et de normaliser les plates-formes de calcul scientifique, véritables outils de compétitivité au profit des centres de recherche publics et privés.

Calcul scientifique - Mercredi 11/07 - 16:00

L’ETSF : Un Nouveau Regard sur le Nanomonde

Durée : 45 minutes
Intervenants : Yann Pouillon (Université du Pays Basque - Spain)

À partir de 2008, l’ETSF fournira des services à une large communauté d’utilisateurs dans le domaine de la physique quantique, incluant des simulations à la demande, le développement et l’amélioration de théories et de logiciels, ainsi que la formation de développeurs.

Grille de calcul LCG

Durée : 45 minutes
Intervenants : Yannick Patois (CNRS, IPHC)

Le LHC (Large Hadron Collider) au CERN va prochainement être mis en service, il produira alors des millions d’interactions par secondes qui seront suivies dans de gigantesques détecteurs.

2007-07-12

Géomatique - Jeudi 12/07 - 09:00

OrbisGIS : un SIG pour la simulation scientifique

Durée : 45 minutes
Intervenants : Fernando Gonzales Cortes, Thomas Leduc (CNRS, IRSTV)

Le système d’information géographique OrbisGIS s’inscrit dans le contexte de la mise en oeuvre d’une Infrastructure de Données Spatiales Urbaines au sein de l’IRSTV.

GRASS, un SIG adapté aux études paléoenvironnementales

Durée : 45 minutes
Intervenants : Yann Le Jeune (DRAC Pays de la Loire), Valérie-Emma Leroux (doctorante Université Rennes I)

L’aspect paléoenvironnemental est maintenant au coeur des problématiques archéologiques. En tant qu’utilisateurs nous exposerons les raisons qui nous ont porté vers l’utilisation du logiciel GRASS dans le cadre d’études paléoenvironnementales. Notre exposé présentera également quelques exemples concrets d’utilisation de GRASS en contexte archéologique : modélisation du potentiel de conservation du signal archéologique, calculs de thèmes paléoenvironnementaux, index de visibilité cumulée, etc.

Géomatique - Jeudi 12/07 - 11:00

GeOxygene : plate-forme interopérable pour le développement d’applications SIG

Durée : 45 minutes
Intervenants : Eric Grosso (IGN, COGIT)

GeOxygene vise à fournir un cadre ouvert de développement, compatible avec les spécifications édictées par l’Open Geospatial Consortium (OGC) et l’ISO, pour la conception et le déploiement d’applications s’appuyant sur des données géographiques (SIG).

GOWS Project : Vers des services web dédiés à la cartographie thématique

Durée : 45 minutes
Intervenants : Olivier Ertz (Heig-VD)

Le laboratoire geo.SYSIN a pour but d’enrichir les spécifications et de développer les technologies pour la diffusion et le partage de l’information géographique secondaire (cartographie de l’information attributaire, des résultats d’élections aux ressources halieutiques en passant par les données du recensement). Le projet GOWS est leur projet phare.

Debian-Science - Jeudi 12/07 - 14:00

Distributions personnalisées de Debian (CDD)

Durée : 45 minutes
Intervenants : Andreas Tille (Debian - Germany)

L’exposé présente toute la puissance d’un concept permettant de parfaitement adapter Debian à des tâches pour des domaines spécifiques.

Debian-Science : Une distribution Debian adaptée pour les sciences

Durée : 45 minutes
Intervenants : Andreas Tille (Debian - Germany)

Une proposition va être faite pour mettre en place un groupe de travail qui s’occupera de construire une CDD Debian-Science qui pourrait alors devenir l’accès principal à Debian pour les scientifiques.

Debian-Science - Jeudi 12/07 - 16:00

Discussion libre Debian-science

Durée : 90 minutes
Intervenants : Les participants / The attending people

Partage d’expériences, de besoins et de projets autour de Debian-science.

2007-07-13

Médecine - Vendredi 13/07 - 09:00

Introduction à la journée médecine

Durée : 5 minutes
Intervenants : Simion Pruna

CImg - Une Bibliothèque Libre pour la Recherche en Traitement d’Image

Durée : 30 minutes
Intervenants : David Tschumperlé (CNRS, GREYC)

Je présenterai ici CImg, une bibliothèque C++ libre et extensible, qui permet d’implémenter de manière rapide et efficace des traitements avancés pour des images génériques.

Les logiciels libre pour la radiologie - et pour les non radiologues

Durée : 30 minutes
Intervenants : Guylhem Aznar

Lors de cette conférence, les participants vont apprendre à exploiter les CDs ramenés par leurs patients, pour en extraire des images et arriver à des diagnostics. Quelques cas cliniques seront aussi présentés et discutés.

Le projet Debian-Med

Durée : 30 minutes
Intervenants : Andreas Tille (Debian - Germany)

Le projet Debian-Med se veut un pont entre les développeurs et les utilisateurs pour aider à maintenir des solutions libres dans tous les champs de la médecine.

Médecine - Vendredi 13/07 - 11:00

TeleDiab : système d’informations médicales pour le diabète

Durée : 30 minutes
Intervenants : Simion Pruna (Romania)

Le système TeleDiab est un composant d’une infrastructure logicielle médicale plus générale, développée pour traiter de la télé-médecine. Le projet vise à obtenir un système d’informations intégré aux pratiques actuelles de gestion de la maladie diabétique, contenant l’ensemble des paramètres de santé des patients.

Projet TeleDiab : développement de la base de données pour la BSEC

Durée : 30 minutes
Intervenants : Cosmin Bucur, Simion Pruna (Romania)

Le système TeleDiab est actuellement mis en place dans le cadre de la BSEC (Black Sea Economic Cooperation).

DiabOUTCOME : système pour la détermination des facteurs de risque du diabète

Durée : 30 minutes
Intervenants : Cosmin Bucur, Simion Pruna (Romania)

La description de cette conférence est disponible dans la version anglaise.

Médecine - Vendredi 13/07 - 14:00

Analyse d’une application Internet pour la gestion de la recherche clinique

Durée : 30 minutes
Intervenants : Susheel Oommen John (The Leprosy Mission Trust - India)

Les technologies de l’information offrent de nombreuses solutions pour relever les défis liés aux données médicales ; nous décrivons un système basé sur une solution Internet qui a été dessinée autour de composants libres pour la gestion de la recherche clinique.

OHF - l’infrastructure libre dédiée au domaine médical de la Fondation Eclipse

Durée : 30 minutes
Intervenants : Werner Keil (Creative Arts & Technologies - UK)

Cet exposé propose une vue d’ensemble de OHF, l’infrastructure libre dédiée au domaine médical de la Fondation Eclipse. OHF correspond à un besoin d’améliorer le niveau d’interopérabilité entre applications et systèmes, tant dans les échanges internes qu’externes des différents organismes de santé publique.

Améliorer la qualité de vie des patients âgés avec la télémédecine

Durée : 30 minutes
Intervenants : Susheel Oommen John (The Leprosy Mission Trust - India)

L’évolution nécessaire des services de santé publique dans des sociétés vieillissantes.
Une description plus complète est disponible dans la version anglaise.

Médecine - Vendredi 13/07 - 16:00

JSR-275 - Mesures et unités de mesure

Durée : 30 minutes
Intervenants : Werner Keil (Creative Arts & Technologies - UK)

JSR-275 spécifie les paquets et classes Java pour la programmation et la manipulation des quantités ainsi que leur expression en tant qu’unité de valeur. Cet exposé vous donnera un aperçu de JSR-275 et montrera comment l’utiliser dans les applications scientifiques ou commerciales.

Interface pour les dispositifs d’enregistrement de Potentiels Évoqués

Durée : 30 minutes
Intervenants : Bogdan Dionisie (University of Medicine Iasi, Romania)

Cette interface de stimulation psycho-verbale représente une extension d’un dispositif d’électro-encéphalographie / électromyographie dédié à l’enregistrement des Potentiels Évoqués (signaux électriques produits par le système nerveux en réponse à une stimulation externe ou interne).


Articles connexes à ce thème :

Système
Conception d’un système embarqué d’aide à la prescription médicale
Communautés
Le Projet PLUME

Dernières infos

Un succès
Les huitièmes rencontres mondiales du logiciel libre se sont terminées sur un succès impressionnant. Environ 3000 visiteurs ont en effet fait le déplacement a Amiens du 10 au 14 juillet 2007.
En attendant de connaitre le déroulement de la prochaine édition, vous pouvez consulter les videos prises (...)